Giun có sức tiêu hóa lớn. Tác dụng phân giải hữu cơ của giun chỉ đứng sau các vi sinh vật. Một tấn giun có thể tiêu hủy được 70 – 80 tấn rác hữu cơ, hoặc 50 tấn phân gia súc trong một quý. Các nước trên thế giới đã tận dụng cơ năng đặc thù này của giun để xử lý chất thải sinh hoạt hoặc rác thải hữu cơ, làm sạch môi trường, có hiệu quả tốt.

Một công ty ở California (Mỹ) đã nuôi 500 triệu giun, hàng ngày xử lý khoảng 2.000 tấn rác. Ở Nhật, những nhà máy hàng năm sản xuất 10.000 tấn giấy, với 45.000 tấn phế thải, đã sử dụng giun để xử lý chất thải, đồng thời sản xuất được 2.000 tấn giun khô, 15.000 tấn phân giun.

Giun sống trong đất sẽ làm tăng độ phì nhiêu của đất. Phân giun góp phần làm giảm mức sử dụng phân hoá học, giúp cây trồng phát triển tốt, tăng khả năng chống sâu bệnh, giảm bớt việc sử dụng thuốc trừ sâu, nhờ đó bảo vệ được môi trường. Với những khu vực nước bị ô nhiễm, nếu nuôi giun cũng làm sạch được môi trường nước.

Hơn nữa, giun đất có thể xử lý chất thải hữu cơ, phân gà, phân lợn, phân bò và chuyển hóa thành phân bón hữu cơ có chất lượng cao, và bằng cách đó cải thiện môi trường sinh thái các vùng nông thôn. Thậm chí, phân của giun cũng có thể dùng để xử lý nước thải. Nuôi giun trong gia đình, vừa xử lý được rác thải, vừa có phân giun bón cho hoa, cây cảnh. Một số nước đã làm các khay nuôi giun đặt tại bếp ăn của các gia đình, thậm chí cả ở các khách sạn năm sao. 

     Khi bổ xung việc nuôi giun vào làm một mắt xích trong chu trình tuần hoàn hữu cơ khép kín của nông nghiệp sinh thái với các khâu như: trồng cây lương thực, cây ăn quả, nuôi gia súc (trâu, bò, dê, cừu), trồng nấm, nuôi giun, nuôi gia cầm, thủy sản, chế biến thức ăn chăn nuôi, chế biến phân vi sinh … - sẽ biến các vòng tuần hoàn đơn trình thành đa trình, các tác dụng đơn phương thành đa phương, đặc biệt là tận dụng được các phụ phẩm, phế thải của khâu này làm nguyên liệu đầu vào chủ yếu của khâu kia, nâng cao được tổng hiệu suất sử dụng năng lượng, tạo ra giá trị gia tăng lớn hơn về hiệu quả kinh tế trong trồng trọt, chăn nuôi. Sản phẩm thừa và xác chết của giun còn góp phần cải tạo, phục hồi đất. Giun đất là một nhà máy sản xuất phân bón tự nhiên mà chúng ta phải quan tâm, bảo vệ.